Die Arbeitsbereiche der AMSA gliedern sich in sechs verschiedene Standing Committees und die Trainingsdivision, welche eng an die Organisation des Dachverbandes (IFMSA) angelehnt sind. Des Weiteren arbeitet die AMSA eng mit Universities Allied for Essential Medicine zusammen, welche sie in Österreich mitbegründet hat, weshalb diese ebenso als Teilbereich der AMSA gesehen wird. Die Bereiche sind:

• SCOME – Standing Committee on Medical Education
• SCOPE – Standing Committee on Professional Exchange
• SCOPH – Standing Committee on Public Health
• SCORA – Standing Committee on Sexual and Reproductive Health incl. HIV/AIDS
• SCORE – Standing Committee on Research Exchange
• SCORP – Standing Committee on Humanrights and Peace
• Trainings Division
• UAEM – Universities Allied for Essential Medicine